云南衡水实验中学的管理理念为：“管理就是沟通、服务与引领”。所以学校的管理，就是更好地为学生、更好地为教师服务，实则就需要精细化管理。 云南衡水实验中学的管理以精神价值为核心，学校所有相关主题的共同使命就是素质教育。

教学的轴心是学生，后勤围着前勤转，领导围着老师转，老师围着学生转，全校围着教学转。 各校区从教育、教学、教师、学生、安全、卫生、食堂、后勤等方面进行精细化管理，如班主任工作考核细则、干部行政值班相关规定、班级量化细则、教职工考核制度、学生安全管理制度、教学常规管理及教师奖惩制度、校园行为“十大禁令”等，实行教师岗位督查制，分层管理；教师全员参与年级、学校管理；学生学习、卫生、纪律等实行日检查、周小结。教师备课、上课布置和批改作业、辅导、考试和考查，量身定做，制定标准，并能严格执行。

学校的学生事务部、教学事务部根据相关制度规定每天对学生、教师的学习生活、教育教学行为进行常规检查、评分反馈。管理中做到“三有三必”：有布置必有检查，有检查必有整改，有整改必有反馈。