阳宗海污染事件发生后，云南省环境科学研究院出具《阳宗海水体砷污染事件的鉴定结论》，将污染事件定性为澄江锦业排污所为。这份重要的证据关乎被告人是否有罪。“根据目前对方掌握的证据以及我们掌握的证据，我们确定（锦业公司）是无罪的！我们的目的是把阳宗海砷污染的真相弄清楚。”14日庭审中，被告方以昆明名律师马军对事故鉴定结论提出质疑，并向法庭申请再次鉴定。
结论一
根据《阳宗海水体砷污染环境监测报告》认定阳宗海水体水质砷浓度已从2007年9月0.02mg/L上升到2008年9月的0.131mg/L，已超过《地表水环境质量标准》V类水质标准，阳宗海水体受到严重污染。
质疑
根据对阳宗海沿湖出露的地下水体进行采样分析的结果：除3号泉外，汤池镇区域温泉水中砷浓度值普遍较高，含砷量在0.036-0.332mg/L之间，最大值出现在南方温泉，超II类水质标准5.44倍（即：2.72 mg/L）。南方温泉的砷浓度比澄江锦业公司的雨水收集池、生活污水池、事故池和洗矿池砷浓度还要高。既然温泉有这样的高含砷水，说明阳宗海区域地下有自然砷源，这就不能排除地质变化因素对阳宗海造成砷污染的可能性。
结论二
通过阳宗海多年水质监测资料分析和湖周边地下水水质监测与调查，无证据表明阳宗海水体砷浓度增加是自然地质因素造成。
质疑
经相关部门检测，阳宗海水在去年5月前还正常，6月却出现根本变化。照此计算，相当于在短短一个月往湖里投放了几十吨的砷……砷在自然界是广泛存在的物质，“不能排除‘5·12地震’对湖底的地质结构造成了影响！
结论三
通过入湖河流监测与调查，排除了砷污染源来自阳宗海入湖河流，将污染源锁定在沿湖区域。通过对流域16家企业排查，确定本次阳宗海砷污染对象为云南澄江锦业工贸公司。2007年6月至2008年6月对该厂砷平衡计算分析确定，云南澄江锦业工贸有限责任公司生产过程中产生的砷部分通过地下水、磷石膏堆放场外溢水和地表径流进入阳宗海，造成水体污染。
质疑
阳宗海水体砷污染检测结果中有个现象：南、中、北3个点水体砷浓度基本相当，这同“靠近厂区南岸砷浓度高”的说法是矛盾的。且仅用南北中3个点取样来评价阳宗海水体砷浓度分布是不规范、不具代表性的。对其它区域水体砷浓度分布也要进行拉网检测才能说明问题。
2008年5月18日因暴雨造成公司雨水收集池区域淹没，池水外溢是客观存在的。但当时外溢的是雨水，砷浓度极低，水量相对也不大，不可能对阳宗海构成污染。
厂外排水沟的水含有砷，主要是磷石膏液流到排水沟中长期蒸发浓缩所致。监测显示外排水沟的砷浓度高达191.9mg/l，这更证明是残液蒸发浓缩的结果，因为无论是磷石膏淋出液还是雨水收集池的水都没有如此高的含砷量。公司的排水与污染事件不可能有关系。
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